邱毅是陳水扁最痛恨的人。在扁執政期間，邱毅領(lǐng)銜，掀起一波又一波揭弊浪潮，也最終把陳水扁送進(jìn)監獄。但邱毅也因2004年“總統”大選后率眾沖撞法院，被判處入獄。
一向戴假發(fā)的邱毅，在入獄前剃了大光頭，而其入獄隨身行囊是大量書(shū)籍，一共帶了25本書(shū)，包括《金剛經(jīng)》、《圣經(jīng)》、《荒漠甘泉》、《五教經(jīng)典》、《正義新解》等。據說(shuō)，王金平曾鼓勵邱毅入獄要多念經(jīng)，好體悟人生大道，“退步原來(lái)是向前”。
在監獄待了208天，邱毅交了許多朋友，教誨師、醫師，甚至戒護科管理員都成了其好朋友。通過(guò)廣納新友，邱毅獲悉許多獄中故事，他都記錄下來(lái)，并寫(xiě)了12萬(wàn)字紀錄。此外，邱毅雖能掌握外界訊息，但對監獄生活還是不能適應，嗜水果如命的習慣，獄中無(wú)法滿(mǎn)足，因此瘦下7公斤。邱毅自嘲，感謝牢獄，讓其減肥成功。
邱毅事后闡述，坐牢期間，他受盡屈辱。獄方每隔一段時(shí)間還會(huì )查房，而且這種例行檢查只針對他一人。“查房時(shí)，我穿著(zhù)內衣短褲，在獄友眾目睽睽下蹲在監房外，每一件物品都翻起來(lái)細查。”邱毅人在獄中，手上的爆料案依然接個(gè)不停，據稱(chēng)監獄里有八成以上的人支持揭弊。
