陳水扁三萬(wàn)多件公文消失
報道稱(chēng)，鑒于2000年的教訓，馬英九在2008年上任前有備而來(lái)，除了推動(dòng)建立相關(guān)法規力圖要為交接建立制度化，也巨細靡遺要求陳水扁的交接小組交出檔案。
相關(guān)法規方案最后在臺立法機構審議時(shí)難產(chǎn)，等到馬英九上臺后，制度化進(jìn)程不了了之，而當時(shí)馬英九的交接小組也向媒體表示，陳水扁時(shí)期列冊移交的文件只有七八百件，更質(zhì)疑在政黨輪替前夕，臺灣地區領(lǐng)導人辦公室購置57臺碎紙機銷(xiāo)毀文件。
曾經(jīng)使用過(guò)碎紙機的一位人士表示，2008年3月選舉結束后，確實(shí)收到指令要銷(xiāo)毀文件，不過(guò)以他的了解，多半是不重要的文件和檔案，沒(méi)有留存或歸檔的必要性。
不過(guò)，媒體也曾報道，臺灣地區領(lǐng)導人辦公室前秘書(shū)長(cháng)詹春柏接獲情資，指當局有違法使用機密資料疑慮，后來(lái)靠三位小秘書(shū)，花兩年進(jìn)行公文大普查，發(fā)現民進(jìn)黨八年執政期間，臺灣地區領(lǐng)導人辦公室有3.6萬(wàn)件公文不知去向。在此之前，馬英九時(shí)期的官員也曾說(shuō)，陳水扁曾拷貝不少外事檔案。
檔案交接被指用于查案
臺媒披露，一位在陳水扁時(shí)期任職的知情人士指出，他不全然了解是否有馬陣營(yíng)所指控的3.6萬(wàn)件公文，以他的了解，所謂的公文，究竟是公文，還是檔案，或是文件、備忘錄，必須先厘清，有不少安全機構負責人常會(huì )以“親密啟”類(lèi)型呈報給臺灣地區領(lǐng)導人，內容不乏機敏性的情資，這些裝在公文袋并密封的機密情資送到臺灣地區領(lǐng)導人辦公室收發(fā)室，自然會(huì )留下公文收發(fā)記錄，但問(wèn)題是，這些算是公文，還是檔案？
他還稱(chēng)，在當年權力交接時(shí)，他們確實(shí)感受到馬英九針對不少個(gè)案，不管是內容、預算等，逐項逐次地詢(xún)問(wèn)檔案在何處，日后當扁案陸續被曝，他認為，與其說(shuō)是為了交接，不如說(shuō)是查案用的。
